Gampong Batu Raja pada awalnya merupakan kawasan transmigrasi yang dikenal dengan nama UPT II Transmigrasi Krueng Tadu. Program ini dilaksanakan pada masa pemerintahan Presiden Suharto sebagai bagian dari kebijakan nasional transmigrasi untuk pemerataan penduduk dan pembukaan wilayah baru. Berdasarkan keterangan tokoh masyarakat dan orang tua setempat, pelaksanaan transmigrasi di wilayah ini diperkirakan dimulai sekitar tahun 1980–1981. Pada masa awal, penduduk transmigran ditempatkan oleh pemerintah dengan fasilitas rumah dan lahan usaha serta pola pemukiman yang terencana dalam bentuk Unit Pemukiman Transmigrasi (UPT). Seiring perkembangan waktu, wilayah ini tumbuh menjadi permukiman yang menetap, masyarakat semakin mandiri, dan kemudian ditetapkan sebagai desa definitif dengan nama Gampong Batu Raja. Setelah terbentuknya Kabupaten Nagan Raya pada tahun 2002, Gampong Batu Raja secara administratif menjadi bagian dari Kecamatan Tadu Raya, Kabupaten Nagan Raya. Hingga saat ini, Gampong Batu Raja berkembang sebagai desa dengan basis utama di sektor pertanian dan perkebunan serta karakter masyarakat eks-transmigrasi yang masih terjaga.